Обычно считается, что ниндзя - это члены обособленных кланов, сформировавшихся из людей, оказавшихся в средневековой Японии вне общества: ронинов (самураев, оставшихся без князей), бежавших от расправы мятежников и преступников, бродячих монахов (не приписанных ни к одному монастырю), отшельников, а также из жителей уединенных горных селений. Когда в Японии началась эпоха феодальных войн, длившаяся пять веков подряд, их стали нанимать для шпионажа и диверсионно-террористической деятельности удельные князья, принадлежавшие к противоборствующим военно-политическим группировкам.